Zafire’nin Malta korsanları tarafından esir edildiği duyulunca Padişah Birinci İbrahim tarafından Kaptan-ı Derya’nın başına getirilerek Girit savaşına gönderildi.
Yusuf Paşa 1645 yılında Girit’in Hanya kalesini fethetti ve adı Hanya Fatihi olarak anıldı. İstanbul’a geldiğinde törenler ile karşılanan Yusuf Paşa Padişah tarafından en büyük görev olan Sadrazamlığa atandı.
Yusuf Paşa bu görevi kabul etmedi. Padişah bu kez Girit savaşı için onu Başkomutan ilan etti. Yusuf Paşa mevsimin kış olduğunu ileri sürerek bu görevi de kabul etmedi. Aynı yıl Kurban Bayramında Padişah tarafından boğularak öldürüldü.